Loading...
MRXA7 уургийн идэвхтэй төвтэй флавоноидын молекулуудын харилцан үйлчлэлийг молекул докингийн аргаар үнэлэсэн нь
Зохиогч
Ц.Амаржаргал
Д.Ариунзаяа
Б.Нурдана
Л.Дэнсмаа
Б.Билгүүн
Д.Ууганцэцэг
Ц.Тэмүүлэн
Б.Баасанжав
Б.Мөнхзул
Он
2026 оны хоёрдугаар сарын 3
Төрөл
journal article
Journal
Эрүүл мэндийн шинжлэх ухаан
Volume
22
Issue
1
Start Page
217
End Page
226
ISSN
2959-6947
Хураангуй
Үндэслэл: Арьсны шархны эдгэрэлт, уян хатан байдал болон хамгаалах чадвар нь эсийн нөхөн төлжилт, эсийн гаднах матрикс (ЭГМ)-ийн дахин зохион байгуулалттай нягт холбоотой байдаг нь судалгаагаар нотлогтсон байна. MXRA7 (Matrix Remodeling Associated Protein 7) нь эсийн гаднах матрикс (ЭГМ)-ийн зохицуулалт, эдийн нөхөн төлжилт болон үрэвслийн процессод оролцдог уураг бөгөөд сүүлийн үеийн судалгаануудын үр дүнгээр шархны эдгэрэлтийг дэмжих чадамжтай болох нь тогтоогдоод байна. Гэсэн хэдий ч MXRA7-ийн үйл ажиллагаанд нөлөөлөх байгалийн гаралтай бага молекулуудын талаарх судалгаа хомс хэвээр байна. Харин флавоноидууд нь антиоксидант, үрэвслийн эсрэг үйлдлээрээ шархны эдгэрэлт ЭГМ-ийн зохицуулалтад эерэг нөлөө үзүүлдэг нь өмнөх судалгаагаар нотлогдсон байна. Иймээс флавоноид нэгдлүүд MXRA7 уургийн боломжит зохицуулагч байж болох таамаглал дэвшүүлэв. Зорилго: MXRA7 уургийн идэвхтэй төвд 14 төрлийн байгалийн гаралтай флавоноид нэгдлийн холбогдох чадвар, холболтын энерги, харилцан үйлчлэлийн онцлогийг молекул докингийн аргаар үнэлэх. Арга, аргачлал: Флавоноидын молекулын бүтцийг PubChem мэдээллийн сангаас авч, MXRA7 уурагтай харилцан үйлчлэлийг CB-Dock2 болон SwissDock программ хангамж ашиглан молекул докингийн аргаар судлав. Докингийн үр дүнг PyMOL программаар дүрслэн, RMSD, холболтын чөлөөт энерги (∆G), ингибиторын тогтмол (Ki), позын эрэмбэлэлт болон кластер анализын үзүүлэлтүүдээр үнэлэлэв. RMSD ≤ 2.0Å-ийг тогтвортой холболтын шалгуур болгон ашиглав. Үр дүн: MXRA7 флавоноидын комплексүүдийн RMSD утга 0.081–0.622Å-ийн хооронд хэлбэлзсэн нь бүх нэгдлүүд уургийн холбогдох хөндийд тогтвортой байрлаж байгааг тодорхойлов. Физетин (0.081Å), Нарингенин (0.107Å), Хесперетин (0.107Å) хамгийн бага RMSD үзүүлсэн нь холбогдох байрлалын тогтвортой байдал өндөр болохыг илтгэнэ. Холболтын энерги (∆G) -6.0– -7.1 ккал/моль-ийн хооронд байсан ба Протропин хамгийн хүчтэй холболт (∆G=-7.1ккал/моль) үзүүлэв. Ихэнх флавоноидууд MXRA7 уургийн амин хүчлийн үлдэгдлүүдтэй устөрөгчийн холбоо, гидрофоб болон π–π харилцан үйлчлэл үүсгэх боломжтой байв. Кластер анализын дүнгээр флавоноидуудын ихэнх нь нэг үндсэн холбогдох байрлалд төвлөрсөн бол Физетин, Нарингенин, Хесперетин тусдаа дэд кластер үүсгэн илүү тогтвортой байрлалтай байв. Лигандын үр ашгийн (LE) үнэлгээгээр Хризин, Апигенин, Нарингенин өндөр LE үзүүлсэн нь жижиг молекулуудын холболтын үр ашиг сайн болохыг харуулав. Дүгнэлт: Флавоноид нэгдлүүд MXRA7 уургийн идэвхтэй төвтэй тогтвортой харилцан үйлчлэх боломжтойг молекул докингийн аргаар үнэлэсэн. Ялангуяа Протропин холболтын энергиэр, Физетин, Нарингенин, Хесперетин холбогдох байрлалын тогтвортой байдлаар онцгой үр дүн үзүүлсэн. Эдгээр нэгдлүүд нь MXRA7-т чиглэсэн боломжит биоидэвхт молекулууд байж болох бөгөөд цаашдын судалгаанд молекулын динамик симуляци болон туршилтаар баталгаажуулах шаардлагатай гэж үзэж байна.
Background: Skin wound healing, elasticity, and protective functions are closely associated with cellular regeneration and the remodeling of the extracellular matrix (ECM). MXRA7 (Matrix Remodeling Associated Protein 7) is a protein involved in ECM regulation, tissue regeneration, and inflammatory processes, and recent studies suggest that it may play a supportive role in skin wound healing. However, systematic investigations on natural small molecules capable of modulating MXRA7 activity remain limited. Flavonoids, on the other hand, have been reported to promote wound healing and ECM regulation through their antioxidant and anti-inflammatory properties. Therefore, it is hypothesized that flavonoid compounds may act as potential modulators of MXRA7 protein activity. Aim: The aim of this study was to evaluate the binding afÏnity, binding energy, and interaction characteristics of 14 naturally occurring flavonoid compounds with the active site of the MXRA7 protein using a molecular docking approach. Materials and Methods: The molecular structures of the flavonoids were obtained from the PubChem database, and their interactions with the MXRA7 protein were investigated using molecular docking with CB-Dock2 and SwissDock software. Docking results were visualized using PyMOL and evaluated based on root mean square deviation (RMSD), binding free energy (∆G), inhibition constant (Ki), pose ranking, and cluster analysis. An RMSD value of ≤ 2.0 Å was considered indicative of a stable binding pose. Results: The RMSD values of the MXRA7–flavonoid complexes ranged from 0.081 to 0.622 Å, indicating that all compounds stably occupied the binding cavity of the protein. Fisetin (0.081 Å), naringenin (0.107 Å), and hesperetin (0.107 Å) exhibited the lowest RMSD values, suggesting highly stable binding poses. The binding free energy (∆G) values ranged from −6.0 to −7.1 kcal/mol, with protopine showing the strongest binding afÏnity (∆G=−7.1 kcal/mol). Most flavonoids formed hydrogen bonds, hydrophobic interactions, and π–π interactions with key amino acid residues of MXRA7. Cluster analysis revealed that the majority of flavonoids shared a common binding mode, while fisetin, naringenin, and hesperetin formed a distinct subcluster with more stable binding poses. Ligand efÏciency (LE) analysis indicated that chrysin, apigenin, and naringenin exhibited higher LE values, reflecting greater binding efÏciency of smaller molecules. Conclution: This study demonstrates, through molecular docking analysis, that flavonoid compounds can stably interact with the active site of the MXRA7 protein. Protopine showed the strongest binding energy, whereas fisetin, naringenin, and hesperetin exhibited superior binding pose stability. These compounds may serve as potential bioactive molecules targeting MXRA7; however, further validation through molecular dynamics simulations and experimental studies is required.
Нэмэлт мэдээлэл
Бүрэн эх: https://journal.mnums.edu.mn/index.php/emsu/article/view/1602
Эшлэл
Ц.Амаржаргал, Д.Ариунзаяа, Б.Нурдана, Л.Дэнсмаа, Б.Билгүүн, Д.Ууганцэцэг нар. MRXA7 уургийн идэвхтэй төвтэй флавоноидын молекулуудын харилцан үйлчлэлийг молекул докингийн аргаар үнэлэсэн нь. Эрүүл мэндийн шинжлэх ухаан. 2026;22(1):217-226.