Loading...
Brucella-ийн эсрэг IgV_CTLA-4 хэрчим агуулсан олон эпитопт вакцин гарган авах иммуноинформатик загвар
Зохиогч
Он
2024 оны тавдугаар сарын 13
Төрөл
journal article
Journal
Эрүүл мэндийн шинжлэх ухаан
Volume
20
Issue
6
Start Page
265
End Page
270
ISSN
2959-6947
Хураангуй
Үндэслэл: In vivo болон in vitro туршилтаар иммуно-информатик загвараар бүтээсэн вакцин нь антиген ба дархлаа тогтоох шинж чанартай болохыг баталсан. Brucella -ийн эсрэг вакцин гарган авахад Omp2b, Omp31 уургийн аминхүчлийн дарааллыг ашиглан молекул залгах технологитой хослуулан таамаглах нь үр дүнг улам оновчтой болгож, үр дүнгийн нарийвчлалыг сайжруулдаг. Иймээс Omp2b болон Omp31 уургуудыг хослуулан хэрэглэх нь Brucella -ийн эсрэг вакцин гарган авахад илүү үр дүнтэй юм. Зорилго: Brucella-ийн эсрэг CTLA-4 -ийн хувьсамтгай хэрчим агуулсан өндөр авцаал чанар бүхий вакцины боломжит загварыг гарган авах. Арга, аргачлал: Omp2b ба Omp31 уургийн аминхүчлийн дарааллыг тогтооход GenBank-аас хайлт хийж, физик химийн үзүүлэлтүүдийг Expasy программ, трансмембран домэйн ба уургийн дохионы пептидийн мэдээллийг TMHMM онлайн серверт боловсруулалт хийж, Т болон В эсийн эпитопийг тодорхойлоход IEDB онлайн сервер ашигласан. Хоёрдогч бүтцийг таамаглахад PRABI онлайн программыг ашиглаж, уураг болон вакцины гурван хэмжээст бүтцийг таамаглахад I-TASSER онлайн программуудыг тус тус ашиглав. Үр дүн: Omp2b уураг нь 362 аминхүчлийн үлдэгдлээс тогтох бөгөөд молекул жин нь 38,676.57, молекул бүтэц нь C1734H2578N456O544S5, изоэлектрик цэг нь 4.58, тогтвортой байдлын индекс нь 23.54 гэж тодорхойлогдов. Omp31 уураг нь 240 аминхүчлийн үлдэгдлээс тогтох бөгөөд молекул жин нь 25,323.20, молекул бүтэц нь C1135H1725N297O354S4, изоэлектрик цэг нь 5.22, тогтвортой байдлын индекс нь 8.61 байна. Omp2b-Omp31 уургийн Т-эсийн эпитопийг тодорхойлоход IEDB-MHCII онлайн сервер ашиглан шалгаж, хувийн зэрэглэл хамгийн бага буюу өндөр авцаал чанар бүхий дарааллуудыг тодорхойлов. Дүгнэлт: 1. Omp2b, Omp31 болон IgV_CTLA4 уургийн аминхүчлийн дараалал, нийт атомын тоо, молекул бүтэц, молекул жин нь theoretical pI, Instability index (II), Aliphatic index, Grand average hydropathicity (GRAVY), домэйний байршил зэрэг хоёрдогч бүтцийн мэдээллийн үзүүлэлтийг тус тус тодорхойлов. 2. Brucella -ийн эсрэг вакцины Т болон В эсийн эпитопийг тодорхойлон вакцины 3-н хэмжээст бүтцийн загварыг таамаглав.
Background: In vivo and in vitro experiments confirmed the antigenic and immunogenic properties of the immuno-informatics-developed vaccine for Brucella. Predicting the Brucella vaccine using Omp2b and Omp31 protein nucleotide sequences, combined with molecular docking technology, enhances accuracy. The Omp2b and Omp31 protein combination proves more effective in Brucella vaccine development. Aim: Development of a potential high-afÏnity vaccine design containing a variable fragment of CTLA-4 against Brucella. Materials and Methods: The amino acid sequences of Omp2b, Omp31 and IgV_ CTLA4 were retrieved from GenBank. Physicochemical parameters were calculated using Expasy software, while transmembrane domain and protein signal peptide data were analyzed using the TMHMM online server. T and B cell epitopes were identified using the IEDB online server. Secondary structure prediction was performed using the PRABI online program. Furthermore, three-dimensional structures of proteins and vaccines were predicted using the I-TASSER online programs. Results: The Omp2b protein consists of 362 amino acid residues with a molecular weight of 38,676.57. Its molecular structure is represented by C1734H2578N456O544S5, and its theoretical pI value is 4.58. The instability index (II) of Omp2b is 23.54. The Omp31 protein consists of 240 amino acid residues with a molecular weight of 25,323.20. Its molecular structure is represented by C1135H1725N297O354S4, and its theoretical pI value is 5.22. The instability index (II) of Omp31 is 8.61. The T-cell epitope potential sequences of Omp2b and Omp31 proteins were examined using the IEDB-MHCII online server, and the three potential T-cell sequences with the lowest adjusted rank and highest afÏnity were selected. Conclusions: 1. Determined the amino acid sequences, molecular structures, atomic compositions, weights, theoretical isoelectric points, instability index, aliphatic index, grand averages of hydropathicity (GRAVY), and pinpointed their domain locations for the Omp2b, Omp31, and IgV_CTLA4 proteins. 2. Predicted T and B cell epitopes of Omp2b-Omp31 and IgV_CTLA4 proteins and developed a three-dimensional structural model of the vaccine.
Нэмэлт мэдээлэл
Бүрэн эх: https://journal.mnums.edu.mn/index.php/emsu/article/view/1124
Эшлэл
З.Амарбаясгалан, Э.Урангоо, Т.Мөнгөнзаяа, М.Бүрнээ, Н.Гиймаа, М.Наранхажид нар. Brucella-ийн эсрэг IgV_CTLA-4 хэрчим агуулсан олон эпитопт вакцин гарган авах иммуноинформатик загвар. Эрүүл мэндийн шинжлэх ухаан. 2024;20(6):265-270.